شناسایی و نشان ویژه سازی آنزیم های داکسی ریبونوکلئاز از چند گونه باکتری خاکزی

باکتری ها موجودات کوچکی هستند که بیشتر آن ها در خاک وجود دارند. گونه های باکتری خاکزی حدود 60 هزار تخمین زده می شوند که هر کدام ویژگی ها و قابلیت های منحصر به فرد خود را دارد. آنزیم های dnase، هیدرولیز مولکول dna را انجام می دهند. دوازده باکتری خاکزی از نظر فنوتیپ کلونی از خاک جداسازی و خالص سازی شد. با تکثیر و توالی یابی قطعه s rrna16، شناسایی در سطح جنس و یا گونه انجام گرفت. در نهایت ژن s rrna16 از 12 باکتری با شماره دسترسی kc170004 الی kc170015 در پایگاه بانک ژن ncbi به ثبت رسید. شناسایی شش باکتری ralstonia sp، sphingomonas sp، microbacterium oxydans، bacillus firmus، cupriavidus pauculus و staphylococcus pasteuri با انجام تست های بیوشیمیایی، مورد تایید قرار گرفت. بررسی تنوع ژنتیکی بین این شش باکتری با استفاده از نشانگر rapd و با استفاده از همردیفی توالی نوکلئوتیدی ژن s rrna16 انجام شد. با انجام تست dna آگار و بررسی ها روی عصاره آنزیمی در حضور dna رشته ای و پلاسمید pet-21a(+)، مشاهده شد که باکتری های c. pauculus، m. oxydans، s. pasteuri، sphingomonas sp و ralstonia sp دارای آنزیم های dnase هستند. با بررسی هضم نوکلئک اسید رشته ای با استفاده از دستگاه اسپکتروفومتر، شرایط آنزیمی و کوفاکتورهای آنزیم ها تعیین شد. با استفاده از ژل بومی آکریل آمید باندهای آنزیمی dnase در باکتری m. oxydans با اندازه های 37، 47 و 57 کیلودالتون و در c. pauculus 38 کیلودالتون مشاهده شدند. از بررسی ژن های dnase ثبت شده در پایگاه ncbi و طراحی آغازگرهای چند شکل، وجود ایزوفرم های آن ها در باکتری ها مورد تحقیق قرار گرفت. پس از کلون سازی قطعات تکثیر شده در ناقل ptg19-t و توالی یابی نوکلئوتیدی، در نهایت دو ژن dnase با شماره kc608820 و kc608821 در پایگاه بانک ژن ncbi به ثبت رسید. ساختار سه بعدی و جایگاه فعال آنزیم های dnase کلون شده، با استفاده از ابزار آنلاین i-tasser و protparam پیش بینی شد.